El objetivo de este programa es determinar cambios en las comunidades hidrobiológicas en el área de estudio. Identificar las variaciones en las poblaciones de las comunidades hidrobiológicas asociadas a los diferentes hábitats acuáticos del área de influencia directa del proyecto. Los Parámetros evaluados son: Plancton, perifiton, macroinvertebrados bentónicos, ictiofauna y macrófitas.